2004 - 2007: Etablierung auf europäischer Ebene

Saison 2004/05

Nach der Saison der grossen Erfolge konnte Werder Miroslav Klose vom 1. FC Kaiserslautern verpflichten. In der Saison 2004/05 wurde in der Liga der dritte Platz erreicht, was zur Champions League Qualifikation berechtigte. Zudem wurde das DFB-Pokal-Halbfinale erreicht. In der Champions League setzte sich Werder in der Vorrunde als Gruppenzweiter unter anderem gegen den damals amtierenden UEFA-Cup-Sieger FC Valencia durch. Im Achtelfinale gegen den französischen Serienmeister Olympique Lyon verlor Werder zweimal (hoch) und schied aus.

Saison 2005/06

Die positive Entwicklung konnte 2005/06 fortgesetzt werden. Werder qualifizierte sich als Vizemeister für die Champions League. Mit 70 Punkten wurde ein Ergebnis erzielt, das in manchen Jahren zur Meisterschaft gereicht hätte. Werder prägte die Hinrunde allein durch begeisternden Offensivfussball. In der gesamten Saison wurden 79 Treffer erzielt, in sieben Spielen wurden dabei mehr als 4 Tore.

Frings kam wieder zurück, Klose wurde mit 25 Treffern Torschützenkönig. Keine andere Mannschaft kassierte in der Rückrunde weniger Tore als der SV Werder, in neun Spielen konnte Werder den eigenen Kasten sauber halten. Im Viertelfinale des DFB-Pokals musste Werder in Pauli antreten. Auf dem völlig unbespielbaren Platz, auf dem eine zentimeterdicke, flachgewalzte Schneedecke lag, verlor Werder das Spiel unter skandalösen Umständen. Dabei fetzten sich Manager Klaus Allofs und der Präsident von Pauli ob dieser Umstände in der Halbzeitpause vor laufender Kamera. In der Champions League schied Werder im Achtelfinale gegen Juventus Turin aus. Das Heimspiel hatte Werder durch zwei späte Tore völlig verdient mit 3:2 gewonnen. Im Rückspiel lief es sehr gut für Bremen, bis zur 88. Minute sah Werder schon wie der sichere Sieger und Viertelfinalist aus, beherrschte Juventus sicher. In der 88. Minute fing Keeper Wiese eine harmlose Hereingabe ab und vollführte Zwecks Zeitgewinn eine Rolle. Dabei entglitt ihm aber der Ball, was zum völlig unverdienten 2:1 führte, wodurch Werder das sichere Viertelfinale noch in letzter Sekunde entging.

Saison 2006/07

In der Saison 2006 / 07 verliess Werders kongenialer Spielmacher Johan Micoud Werder in Richtung Frankreich. Micoud wurde durch den jungen Brasilianer Diego ersetzt, der in Porto nicht über die Rolle des Reservisten hinauskam. Zudem wurde mit Mannschaft mit Mertesacker, Fritz, Hugo Almeida, Womé und im Winter durch Rosenberg verstärkt, womit Werder Bremen mehr als je zuvor investierte. Werder gewann zum Saisonauftakt den Ligapokal, wurde Herbstmeister und holte im Kalenderjahr die meisten Punkte. Wiederum setzte Werder in der Hinrunde punkto Spielwitz den absoluten Massstab in der Liga. Durch den attraktiven Offensivfussball wurden auswärts dreimal sechs Tore erzielt, Diego entwickelte sich innerhalb kürzester Zeit zum Mittelpunkt innerhalb der starken Werder-Mannschaft und zum besten Spieler in der Bundesliga, und löste so Johan Micoud als echte Nummer 10 und Spielmacher ab.

In der Champions League wurde Werder mit Barcelona und Chelsea in eine „Todesgruppe“ eingeteilt. Werder trat in der Gruppe stark auf, schlug Chelsea zuhause und spielte Unentschieden gegen Barcelona. Insgesamt holte Werder in dieser starken Gruppe 10 Punkte, schied damit aber trotzdem aus der CL aus und musste als Dritter in den UEFA-Cup. Nur zweimal in der Geschichte der CL hatten bislang 10 Punkte nicht zum Einzug in das Achtelfinale gereicht. Nach Erfolgen gegen Ajax Amsterdam, Celta Vigo und den AZ Alkmaar kam das Aus im UEFA-Cup im Halbfinale gegen Espanyol Barcelona.

Zu Beginn der Rückrunde schwächelte Werder, zudem liess sich die Mannschaft durch Wechselgerüchte und der Formschwäche von Miro Klose verunsichern. Die Saison endete auf dem dritten Platz, der zur Teilnahme an der CL-Qualifikation berechtigte. Durch zwei Siege gegen Dinamo Zagreb zu Beginn der Saison 2007 / 08 erreichte Werder zum vierten Mal in Folge die Gruppenphase der Champions League. Absolute Leistungsträger wie Naldo und Frings (obwohl dieser ein sehr lukratives Angebot von Juventus Turin hatte) konnten langfristig an den Verein gebunden werden, nur Klose wechselte zu Beginn der Saison 2007 / 08 unter fragwürdigen Umständen und zuvor unrühmlichen Verhaltens von Klose und der Bayern-Führungsriege nach München. Bayern hielt sich nicht an gültige Regelungen und kontaktierte (und verhandelte) mit dem Spieler ausserhalb gültiger Fristen. Dies belastete die Beziehung zwischen Werder und Bayern einmal mehr, zumal sich die Bayern (vor allem Hoeness) und Klose anschliessend uneinsichtig zeigten.